Salah satu hal yang paling disoroti dari konflik Papua adalah soal pelanggaran HAM yang puluhan tahun terjadi. Dalam salah satu kesempatan, Menkopolhukam Wiranto mengatakan pemerintah sudah melakukan langkah-langkah dalam mengatasi pelanggaran HAM berat di Papua. “Ada 12 yang sedang diselesaikan. Itu tinggal 3, Wamena, Wasior dan Paniai yang lagi diselesaikan. Tapi kan memang ada prosedur penyelesaiannya. Kita harus mengumpulkan bukti. Pemerintah bukan enggan, tapi masih berlanjut.”
Komisioner HAM Choirul Anam mengatakan pemerintah belum ada itikad baik dalam menyelesaikan beberapa kasus pelanggaran HAM berat, di antaranya Wasior dan Wamena. “Itu di depan presiden, kami minta menyelesaikan itu. Menkopolhukam minta ada Dewan Kerukunan Nasional, kami tolak begitu juga tim khusus terpadu kami tolak juga karena itu adalah bentuk impunitas. Pak Wiranto itu ingin melupakan saja. Dia menghalang-halangi. Ini bukan soal melupakan, ini persoalan hukum. Kalau Kejagung tidak sanggup, ya kami selesaikan. Kalau perlu presiden mengeluarkan Perppu kami bisa menetapkan beberapa jenderal jadi tersangka,” tegasnya.
Soal pernyataan Choirul, Wiranto membantah pihaknya menghalangi proses hukum. Menurutnya, proses hukum mandek karena bukti-bukti hukumnya belum ada. “Kalau yudisial sudah mandek, ya bagaimana yang non-yudisialnya. Kita kan punya budaya menyelesaikan masalah dengan musyawarah. Kalau ditolak dan dianggap impunitas ya sudah. Soal tim terpadu tahun 2016, itu hasilnya sudah ada, sebagian masuk dalam kriminal biasa. Soal penyelesaian HAM berat, misalnya soal pengadilan HAM adhoc ya harus melewati putusan DPR,” jelasnya.