Semasa menjadi pejabat negara, Jusuf Kalla turun menjadi inisiator perdamaian konflik di Poso, Ambon, hingga Aceh.
Dalam menangani konflik, JK mewajibkan dirinya dan orang kepercayaannya mempelajari dengan sungguh-sungguh alam pikir daerah yang dilanda konflik. "(Mendamaikan konflik) tidak ada ilmunya. Insting dan logika serta pengalaman-pengalaman. Ini masalah negoisasi,“ ujar Jusuf Kalla.
Hamid Awaluddin, Ketua Juru Runding Indonesia dengan Gerakan Aceh Merdeka, ingat betul pesan JK untuknya, "Hamid, lawan rundingmu harus kau beri martabat, jangan kau anggap lebih rendah. Dignity for all, semua pihak bermartabat, itu 100% dari Pak JK.”