Tersendatnya izin perpanjangan FPI dikaitkan dengan sikap politik pemerintah. Selama ini FPI selalu berada dalam posisi politik yang berseberangan dengan pemerintah. Posisi yang paling jelas terlihat adalah saat FPI bersama PA 212 mendorong munculnya Ijtima Ulama yang mendukung lawan politik dari presiden petahana.
Direktur Ormas Kemendagri, Lutfi mengatakan FPI masih belum melengkapi persyaratan untuk mendapatkan Surat Keterangan Terdaftar (SKT). “Jadi tidak ada itu urusan politis. Ini persoalan tertib administrasi. Kami sudah bersurat ke FPI agar melengkapi persyaratan yang belum lengkap. Konsekuensi jika tidak terdaftar, paling tidak bisa kerja sama atau mendapat dana dari pemerintah,” kata Lutfi. Lutfi juga menyatakan pihaknya sedang menelusuri ideologi FPI, karena sesuai amanat UU, setiap sikap organisasi harus sejalan dengan negara.
Ketua Bantuan Hukum FPI, Sugito Atmo menyatakan FPI sedang berupaya melengkapi persyaratan yang diminta oleh Kemendagri. Namun, Sugito mengkritik, dalam upaya FPI melakukan pelengkapan administrasi, banyak pejabat pemerintah yang justru memberikan pernyataan. “Ini yang pada akhirnya jadi politis. Ini FPI kan bukan sekali dua kali mengajukan perpanjangan izin, mengapa sekarang dipersulit. Tapi FPI jika tidak mendapat SKT juga tidak apa-apa,” kata Sugito.